Экспертиза проводится прокурорами в ходе осуществления своих полномочий, Минюст России выполняет ее при проведении правовой экспертизы и мониторинга применения нормативных правовых актов, а также другие органы, организации и их должностные лица в соответствии с данным Законом. У каждого органа имеется свой правовой акт о проведении антикоррупционной экспертизы. 

Соответственно, основаниями для ее проведения являются поступление обращений в прокуратуру, поступление проекта нормативного правового акта на регистрацию, подготовка локальных актов в организациях. Экспертизу нормативных правовых актов тех органов и организаций, которые были упразднены или реорганизованы, проводят их правопреемники, которым были переданы соответствующие полномочия.

В соответствии с ч.1 ст.5 Закона № 172-ФЗ институты гражданского общества и граждане РФ могут в порядке, предусмотренном нормативными правовыми актами РФ, за счет собственных средств проводить независимую антикоррупционную экспертизу нормативных правовых актов (проектов нормативных правовых актов). Порядок и условия аккредитации экспертов по проведению независимой антикоррупционной экспертизы нормативных правовых актов (проектов нормативных правовых актов) устанавливаются федеральным органом исполнительной власти в области юстиции. В случае если в процессе проведения экспертизы возникшие разногласия не были разрешены, они могут быть переданы на рассмотрение суда. Так, например, прокурор оспаривал в суде областной закон, которым было предусмотрено представительство интересов субъекта РФ в коммерческих организациях. Однако суд заявленное требование отклонил, сославшись на то, что поведение представителей государственных органов не может быть произвольным, оно определяется соответствующими директивами и доверенностью уполномоченного органа исполнительной власти, поэтому признаков коррупции в таком законе нет (Определение Верховного Суда РФ от 08.04.2015 № 47-АПГ15-6).